Библиотека Музеја наивне и маргиналне уметности припада документационој служби и њен садржај чине 5685 књига, 30 часописа, 290 филмова и видео снимака као и каталози, плакати. Тематски, већим делом, сви каталози везани су за ликовну уметност, пре свега наивну као и за музеологију. Легат Ото Бихаљи-Мерина, драгоцени поклон библиотеци Музеја наивне и маргиналне уметности је део заоставштине Ото Бихаљи-Мерина. Поклон садржи: 1.373 каталога и књига, 885 фотографија, 375 слајдова и 40 фасцикли рукописа. Библиотека има 14 уписаних корисника, запослених у Музеју и 10 корисника ван ове установе. Годишње се позајми стотинак књига и око 40 серијских публикација.