Biblioteka Muzeja naivne i marginalne umetnosti pripada dokumentacionoj službi i njen sadržaj čine 5685 knjiga, 30 časopisa, 290 filmova i video snimaka kao i katalozi, plakati. Tematski, većim delom, svi katalozi vezani su za likovnu umetnost, pre svega naivnu kao i za muzeologiju. Legat Oto Bihalji-Merina, dragoceni poklon biblioteci Muzeja naivne i marginalne umetnosti je deo zaostavštine Oto Bihalji-Merina. Poklon sadrži: 1.373 kataloga i knjiga, 885 fotografija, 375 slajdova i 40 fascikli rukopisa. Biblioteka ima 14 upisanih korisnika, zaposlenih u Muzeju i 10 korisnika van ove ustanove. Godišnje se pozajmi stotinak knjiga i oko 40 serijskih publikacija.